La CER è un organismo che vive e cambia nel tempo e come tale va gestito dal punto di vista tecnico e amministrativo. Gli adempimenti amministrativi della CER e i rapporti con il GSE possono essere affidati ad una società esterna (il cosiddetto “referente”), che opera attraverso un mandato e percepisce un compenso per la sua attività, il quale sarà definito da appositi accordi contrattuali con i quali viene conferito il mandato per la gestione della CER.